朱棣打着「清君側」的祖製造反，不過是想要奪取皇位的一個藉口

朱棣率兵攻入金陵奪取政權，把侄子建文帝打的從此無影無蹤。他發動靖難之變成功登基做了皇帝，文武百官紛紛跪迎道旁，在群臣的擁戴下即皇帝位，是為明成祖，年號永樂。

由於朱棣是造反稱帝的，對大臣有所猜忌，所以恢復了洪武年間廢除的錦衣衛，重新開始實施明朝的特務統治。隨後，永樂十八年（1420年），朱棣又設立了東廠，令親信太監掌權，加強特務統治的同時提高了宦官的地位。

太祖朱元璋成法中有一條是關於「靖難」的。朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》中說：「朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。」朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為「靖難」，即靖禍難之意。故而靖難之役中朱棣的口號是「清君側，靖國難」。這其中，「靖難」的意思：「靖」指平息，掃平，清除。「靖難」代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。不過太祖的成法裏面還有一條就是皇帝先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後要五日之內離京。所以這不過是朱棣想要奪取皇位的一個藉口而已。

朱棣登基後，首先是開動國家宣傳機器將建文帝朱允炆形容成一個奸惡、不孝、淫邪之徒，譴責他和圍繞在他左右的「奸臣」們的道德敗壞和禍國殃民。朱棣廢除了「建文」年號，宣佈朱允炆在位期間的4年仍使用太祖年號——即「洪武」，他自己的「永樂元年」則直接上承「洪武35年（1402年）」，而非「建文4年」。按照這種說法，建文朝成了「君位虛置」的非法政權，史家曾稱之為「革除」時期。

朱棣當上皇帝後還做了一件大事，遷都。由於南京的建文帝影響較大，在政治上考慮，作為朱棣大本營的北平更加適合作為帝都。故考慮各種因素後，朱棣決定遷都北京。他把明朝的都城從南京遷到了北京，遷都的原因是多方面的，而其中一個方面又和玄武有關。

朱棣曾經的封地在北方，他自稱玄武神，在靖難之變中，每次打了勝仗，朱棣都說是玄武神的保佑，也許冥冥中他也相信北方是他的福地，北方的玄武會保佑他江山永固。這也是朱棣遷都北京的原因之一，朱棣在北京修建了規模宏大的紫禁城，紫禁城北門被命名為玄武門

接下來的20多年時間裏，「雄才大略」的明成祖全面恢復了朱元璋時代嚴苛殘酷的高壓統治。與此同時，對建文朝的清算和對所謂「建文餘孽」的追治也從未停止過。

「靖難之役」是明朝歷史上影響深遠的一次政權爭奪戰，不僅導致了明朝皇位歸屬的改變，也極大影響了此後二百多年明朝政治、思想的走向。清代大學者、《〈說文解字〉注》的作者段玉裁在《明史十二論》中將「靖難之役」、景泰末年的「奪門之變」以及嘉靖初年的「大禮議」稱為影響明朝歷史走向的「三大案」。 按照朱元璋設計的制度，由皇帝、藩王、外戚、駙馬組成的家天下體制，應該能夠在權力、禮法和親情的共同作用下穩固地支持大明王朝的江山。然而，文弱的侄皇帝與身邊的書生們未能掌握制約桀驁不馴的叔王的辦法，朱元璋最初設計的制度終於釀成大禍。