深入淺出–穿山甲為武漢肺炎病毒中間宿主的可能性

此Post是上一篇「深入探討穿山甲為武漢肺炎病毒中間宿主的可能性」的深入淺出版本，將會再次動用連豬連狗生動方式講解武漢肺炎病毒的最新動向，特別探討穿山甲作為病毒中間宿主的可能性。

本文將會涉及一些專有名稱及基礎理論，但只要有閱覽下面這個導讀Post，閱讀上應該不會構成任何問題。

深入淺出–武漢肺炎病毒2019-nCov的基礎知識

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圖1）圖片為現今與武漢肺炎病毒最為相近的病毒排名，由上至下以整體基因相似度排列。

最為接近的是2013年普洱市山洞蝙蝠糞所找尋得到的病毒（RaTG13)，與武漢肺炎病毒整體基因排序相似程度高達96.2%。

屈居第二的是2018年浙江省舟山市所發現的蝙蝠冠狀病毒（bat-SL-CoVZX21/45），相似度有89%。

第三名則是2003年的SARS病毒，相近度為80%。這裡再一次作出提醒，SARS病毒起源地為廣東，並非香港。

圖2 ）因為RaTG13與武肺病毒非常相似，科學家亦紛紛著手研究RaTG13與武漢肺炎病毒兩者的關係。其中，他們發現如果單獨比較兩者在人體ACE2 Receptor Bindind Domain (RBD)排組上吻合度的話，相似程度只有89.2%，並不算為高。

再者，ACE2 RBD排組中共有六個氨基酸（蛋白）對於病毒的Spike Protein能否與ACE2 Receptor結合有著關鍵性的作用，但RaTG13只有在455這位置與武漢肺炎病毒的氨基酸排組相同，其餘五個位置均不相同。

換句話說，RaTG13必須是經過一些演化程序才可以變成現今的武漢肺炎病毒，「演化程序」可以是透過與其他大自然物種互相交換基因排組轉化而成，亦可以是透過自身基因突變又或者是實驗室人手加工轉變而成。

圖3）在這個問題上，管軼教授在2020年2月18日在biorxiv系統上傳的學術文章《Identification of 2019-nCoV related coronavirus in Malayan pangolins in southern China》提出了馬來穿山甲是中間傳播者的可能性，作為RaTG13演變為武漢肺炎病毒的宿主媒體。

團隊在2017年8月至2019年的廣東廣西海關反走私行動中所獲取的馬來穿山甲樣本中，均分別找出了類近武漢肺炎的冠狀病毒。

其中一道廣東馬來穿山甲樣本，整體基因排組與武漢肺炎病毒有著90%的相似度，比RaTG13的96%略低。

但若果單獨以ACE2 RBD排組來看的話，樣本與武漢肺炎病毒的相似度高達97%，遠高於RaTG13的89.2%。

而最為重要的是，廣東馬來穿山甲樣本的RBD裡，擁有與武漢肺炎病毒一模一樣的六個關鍵蛋白。

圖4）管教授在文中引用學術文章指出Beta冠狀病毒（武漢肺炎病毒為Beta冠狀病毒）擁有高度與病毒作基因互換（Recombination)的特質，並在文章指出2018年浙江省舟山市所發現的蝙蝠冠狀病毒（bat-SL-CoVZX21/45）是由多種SARS冠狀病毒及穿山甲樣本的病毒基因互換而成。

穿山甲及蝙蝠均分別有著能夠組成今時今日武漢肺炎病毒的組件，圖中展出Recombination的其中一個可能性，但武漢肺炎病毒是否100%真的是依靠穿山界作中間宿主而產生，管教授在文中亦沒有確實的證據，亦沒法作出肯定的論述。

圖5）事實上，儘管管教授提供了穿山甲為潛在中間宿主的證據，還有一些難題並未能夠因而解答得到。

武漢肺炎病毒所持有的Polybasic cleavage site並沒夠在RaTG13或穿山甲的樣本中尋覓得到，那麼這道Polybasic cleavage site究竟又是從何以來的呢？

另外，馬來穿山甲是瀕危物種，數量極為稀少，再加上牠們不愛群居生活的特價，病毒能否在物種之間有效傳播及進行基因互換亦成疑問。

管教授在文中亦有提出此點，認為必需多了解馬來穿山甲在原生地的生態行為才能夠可以作出進一步的推論。

無論如何，這篇文章首次提供出充足證據除蝙蝠以外亦有穿山甲這物種能夠成為類近武漢肺炎病毒的宿主，並指出了穿山甲的病毒樣本的RBD排組與現時武漢病毒達97%相似之高，絕對值得再作進一步的研究及觀察。